В Московской богословской семинарии ЕХБ имеется два факультета: Богословский (дневная форма обучения) и Церковного служения (вечерняя форма обучения). Получение высшего богословского образования в МБС предусматривает прохождение двух ступеней учебного процесса: трехгодичной бакалаврской и двухгодичной магистерской программ.